经教育部和国务院学位委员会批准，上海交通大学医学院于2005年8月开始试办八年制医学教育（医学博士学位）。八年制临床医学专业的办学原则是“八年一贯，整体优化，加强基础，注重临床，培养能力，提高素质”，目标是培养具有医学博士学位的高层次、高素质的医学人才。合格的临床医学八年制毕业生授予医学博士（M.D.）专业学位。学校对学生实行八年一贯制的连续培养。为确保各阶段的培养质量，对由于各种原因不能适应学习者，实行分段的分流和淘汰制，但不设具体淘汰率。在公共基础课程阶段、本科培养阶段和研究生培养阶段分别设立出口，对不能达到学校规定的相应要求或本人不愿进入下一阶段学习的学生，将实行分流或淘汰。根据学生的学习情况，予以转专业、本科毕业或结业；按学生实际达到的专业水平授予学士学位（或不授予学位）、授予硕士学位等。基础课程:政治、体育、外语、高等数学、物理、化学、生物学、人体解剖学、组织胚胎学、医学遗传学、生理学、生物化学、病理解剖学、病理生理学、微生物学、寄生虫、药理学等。（理科基础学习阶段在上海交通大学本部学习）专业课程:内科学、外科学、妇产科学、儿科学、传染病学、流行病学、眼科学、耳鼻喉科学、皮肤学、核医学、卫生学、中医学、康复医学、肿瘤医学、急救医学以及部分研究生课程。

本专业的办学原则是“八年一贯，整体优化，加强基础，注重临床，培养能力，提高素质”，目标是培养具有医学博士学位的高层次、高素质的医学人才。合格的临床医学八年制毕业生授予医学博士（M.D.）专业学位。本专业在教育部公布的《学位学科评估高校排名结果》中，列全国排名第一位。