“资源环境科学菁英班”是南京农业大学与中国科学院南京土壤研究所联合培养创新人才的新模式。“资源环境科学菁英班”学生的招生、本科阶段的培养由南京农业大学负责，按照南京农业大学管理制度进行管理，并在南京农业大学完成课程学习。“菁英班”将发挥南京农业大学教学资源优势，充分利用中国科学院的学科和科研条件，探索校所联合、科教结合、协同创新、培养具有扎实理论基础和鲜明专业特色英才的新模式、新机制，共同培养资源环境及相关学科领域高水平研究型人才。

在本科阶段培养期间，中国科学院南京土壤研究所和南京农业大学资环学院选派优秀副高级以上职称教师或研究人员作为导师，并提供科研训练与实践创新机会，旨在加强学生实践教学环节和专业技能训练、培养学生创新意识和科研素质、增强学生分析问题和解决问题的能力；双方将选派优秀科研人员（导师）从二年级或三年级开始为“菁英班”开设学术前沿讲座；“菁英班”二年级暑假，中国科学院南京土壤研究所和南京农业大学资环学院提供3周的实验室轮转（Rotation）机会；设立“菁英班”奖学金，另，在本科阶段学习期间，“菁英班”学生在土壤所参加科研实践活动时可按土壤所规定享受科研助理岗位待遇；为“菁英班”学生优先提供国际访学机会。“资源环境科学菁英班”学生的本科毕业条件及学士学位授予资格按南京农业大学的相应规定进行审核，同时可获得由南京农业大学和中国科学院南京土壤研究所联合颁发的学习证明。