故事中的“我”是泥塘镇上一个名叫汤米·斯达宾斯的小男孩。为了救一只受伤的松鼠，“我”认识了杜利特医生，并且成了他的助手。医生为了研究动物语言决定再次航海，“我们”去找朋友卢克帮忙，却发现卢克受人陷害而被捕。医生让卢克的狗出庭作证，通过翻译狗语帮卢克洗清了罪名。“我们”以一座漂流的浮岛“蜘蛛猴岛”为目的地，开始了航行。一路上的经历惊险而又奇特：先是不断发现偷渡客，又在西班牙大闹斗牛场，后来碰上了大风暴，最终在海豚等动物的帮助下登上了蜘蛛猴岛。在岛上，有更多惊险而又奇特的经历等着“我们”……最后，“我们”坐在一只巨大的海贝“玻璃大海螺”的贝壳里，从海底回到了泥塘镇。