一座庄园，因为女主人的辞世，悲伤的男主人将女主人生前最爱的花园用围墙和大门封锁起来。从此，这里变成了一座灰色的、没有生气的园子，花园也变成了一个秘密的花园。随着时光的流逝，花园的男主人也从此陷入阴霾，脾气变得愈加古怪和暴躁。

　　一个又干又瘦、霸道而任性的丑女孩玛丽，当她从睡梦中醒来，得知自己的全部家人因为瘟疫的肆虐而失去了生命后，在姑父阿奇博尔德。克兰文的管家的带领下，从印度千里迢迢来到了这个庄园。从此以后，她便在这个陌生、充满了神秘感的远亲家中开始了新的生活。

　　庄园很大，有一百多间屋子，可是到处充满了灰暗和阴冷。玛丽听说了秘密花园的故事，而且会在半夜里听到不知从哪里传来的隐隐约约的哭声，这些都让她的好奇心膨胀到了极点。

　　闲暇的时候，她独自来到园子里，来自于大自然的新鲜空气使得干瘦的玛丽在奔跑中感受到前所未有的快乐。没几天的时间，她的脸上竟然开始有了血色，整个人也精神了许多。在美丽的知更鸟的引导下，玛丽终于找到了秘密花园的钥匙。扒开被野藤遮蔽下的木门，围墙后花园的大门终于显现在玛丽眼前。

　　玛丽结识了一个叫做迪肯的神奇男孩，只要他一出现，小动物们便会围在他的身边听他吹笛子。他和玛丽成为了好朋友，而秘密花园就是他们玩耍的地方。

　　一次偶然，玛丽循着哭声发现了长期生病卧床的表弟柯林。他因为母亲去世而不幸地失去了父亲的关爱，玛丽和迪肯把柯林偷偷带进了花园，使他对生命重新燃起了热切的渴望。

　　阳光、健康、青草、风声成了他们的共同秘密，生命力悄悄地回到了秘密花园，美好的大自然不仅改变了几个孩子，更改变了阿奇博尔德·克兰文——庄园的男主人。

　　从此以后，庄园中和谐一片，恬静而美好的生活开始了……