本书共六卷。从黄巾起义始，以魏、蜀、吴三国鼎立局面的形成终。

作者作为日本一代史学大家，其史观自然与国内多有不同，相较而言，更为客观也更见理性。从《三国志》，到《资治通鉴》、《后汉书》，再到《三国演义》，这些著作要么“尊刘贬曹”，要么“尊曹贬刘”，或为政治环境所囿，或为史家见识所缚，似乎都没能做到真正的客观和理性。反观本书，陈舜臣对史料的独特解读所形成的三国史观，既不尊刘，也不尊曹，从而能够比较客观自然地按照历史发展的脉络来铺陈。正像作者自己说的：“不论这部书的好坏，在这里只是想说明，这本三国志故事是由陈舜臣本人创作完成的。”

作者在探究历史真相的过程中，惊人地发现了许多中国治史者未曾关注的东西，而这些正是陈舜臣的最大贡献。以扎实的史料打底，对若干历史的细节以合理的推测和铺衍，最终形成了这部融学术研究和艺术创作为一体的历史小说。

在执笔这部《秘本三国志》之前，作者本人用了一个月时间去中国旅行了一次，在日本连载本书的过程之中又各花了一个月去过两次。用自己的眼睛去见证三国故事发生的舞台，用自己的双脚切实地踏上这片土地。作为一个治史者，一个作家，已然非常难得了。